NCGM医療情報基盤センター(CMII)は、理事長のもとに設置された組織で、NCGM全体の情報システム、レジストリ・データベース、情報セキュリティ、情報ネットワークの統括を業務としています。CMIIには、次の4つのユニットが定められています。これら4つのユニットが相互に連携し有機的につながりながら業務にあたることで、NCGMのミッションおよび国の医療の情報化政策を支援しています。
医療研究基盤ユニットは、NCGMにおける単独研究および他機関との共同研究について、情報基盤の整備や運用支援、研究協力をおこなうとともに、医療情報に関連する分野の外部資金の獲得にあたります。
臨床データベース構築・運用ユニットは、医療分野の疾患レジストリや臨床データベースの構築、運用、最適化、データクリーニング、可用性の確保の支援をおこないます。
情報ネットワーク・セキュリティユニットは、NCGM全体の情報セキュリティマネージメントをおこないます。
病院情報管理ユニットは、病院情報システム及び病院部門システムの適切な管理・運用を支援するとともに、診療情報の管理と活用をおこないます。